DNASTAR中的核酸序列翻译通常在SeqBuilder Pro中完成，可以直接查看局部或完整核酸序列对应的蛋白翻译，也可以把选定区域生成新的蛋白序列。DNASTAR怎么查看序列翻译结果，DNASTAR序列翻译出现提前终止如何检查，重点是先确认翻译区域、阅读框和遗传密码表，再判断终止密码子是否真的属于序列异常。若起始位置偏移、序列方向错误或中间存在插入缺失，翻译结果同样可能提前结束。SeqBuilder Pro支持查看核酸序列翻译，并可根据选定区域建立新的蛋白序列。

在DNASTAR的SeqBuilder Pro中，序列特征注释可以用来标记CDS、启动子、终止子、复制起点、标签序列以及其他具有明确生物学意义的区段。DNASTAR怎么添加序列特征注释，DNASTAR特征注释位置错误如何修改，首先要保证选中的碱基范围准确，再设置特征类型、名称、链方向和说明信息。注释已经建立但位置发生偏移时，也不需要删除整条序列重新操作，可以直接从Features视图检查并修改对应Feature。SeqBuilder Pro目前支持手动创建、编辑以及自动识别序列特征。

在DNASTAR Lasergene中，开放阅读框通常可以通过SeqBuilder Pro进行查找和显示。它能够根据序列中的起始密码子、终止密码子以及设定的最小ORF长度，快速标出可能的蛋白编码区域。处理“DNASTAR怎么查找开放阅读框，DNASTAR开放阅读框识别不完整如何调整”时，需要先确认序列类型和ORF显示条件，再检查最小长度、起始密码子要求、正反链以及序列本身是否完整。SeqBuilder Pro目前支持在Linear和Sequence视图中直接显示ORF。

DNAMAN中的序列显示既包含DNA、RNA、双链、反向互补等展示方式，也涉及注释区域是否显示、以何种形式显示，以及当前分析区域是否覆盖完整序列。序列本身的数据没有变化，并不代表显示结果一定相同。围绕“DNAMAN怎么设置序列显示格式，DNAMAN序列显示格式修改后为什么没有变化”，需要区分序列内容、分析定义和显示结果这三个层面。

核酸序列之间是否接近，通常需要先完成序列比对，再结合一致位点、缺口、比对长度和系统发育关系判断。DNAMAN怎么进行核酸序列同源性分析，DNAMAN同源性分析结果怎么判断，不能只看一个百分比。短片段即使一致率很高，也可能缺少足够的信息量；较长序列中存在少量插入或缺失，也不一定说明两条序列关系很远。DNAMAN本身提供同源性比较、多序列比对和系统发育分析等功能，可以把这些结果放在一起查看。

在进行DNASTAR SeqBuilder质粒图谱的绘制时，以及调整注释位置的偏移时，是很多人在构建质粒、制作载体说明、核对酶切位点和整理实验记录的时候，容易碰上的问题。质粒图谱并不仅仅只是画出一个环形的DNA就结束了，它是需要把序列的长度、起点和方向、开放阅读框、启动子、抗性基因、标签、酶切的位点，还有引物的位置，这些东西都一一对应到准确的碱基坐标上面去的。一旦注释的位置发生了偏移，那么后续的克隆设计、测序结果的比对，还有实验上的交接，就都会跟着一起出错的。

DNASTAR PrimerSelect引物怎样设计，以及DNASTAR PrimerSelect引物特异性又该怎样检查，这件事情的重点并不是点一下自动生成就能结束，而是需要操作者先动手把目标序列、扩增区域、引物长度、Tm值、GC含量还有产物长度这些内容都给设定清楚，PrimerSelect这个工具常被用来设计PCR、测序和杂交等实验里所需要的引物和探针，在比较新的DNASTAR PCR设计流程里面，操作者也可以在SeqBuilder Pro中先把目标区域选好，再去创建引物对，之后再回头查看和调整得到的结果。

DNASTAR EditSeq序列格式怎样转换，转换之后碱基编号发生错位又该怎样处理，操作者需要先确认原始文件的类型。普通的FASTA、GenBank、EMBL、ABI测序峰图，以及纯文本序列，各自保存下来的信息并不相同。格式转换从表面上看，只是另存为另一种文件，但它实际上会对序列的名称、注释、方向、起止位置和编号显示造成影响。在DNASTAR的文件格式资料里，Lasergene中与分子生物学及蛋白质相关的工具，能够支持多种导入和导出格式，经常被用到的导出格式包括EMBL、FASTA以及GenBank。

拿到一段蛋白质的氨基酸序列之后，假如手头还没有它的晶体结构，也没有预测出来的三维模型，那么先去看一看它在二级结构层面上的分布特点，往往是一个很自然的起点。下面要讨论的问题就很实际了：在DNASTAR这个软件包里面，蛋白质的二级结构预测到底该怎么去做，算出来的结果又该怎么解读，这些工作通常都是在它那个叫作Protean 3D的程序里完成的。Protean 3D被设计用来处理蛋白质序列和结构分析的事情，里面自带了Chou-Fasman、Deléage-Roux、Garnier-Robson和GOR等好几种广为使用的二级结构预测方法，用户可以根据自己的情况调用。

做质粒整理、基因构建或者分析测序结果的时候，调整序列上的注释标签是常有的事。关于在DNASTAR里怎样编辑序列的注释信息，通常都是在SeqBuilder Pro的Features视图下完成的，也可以直接在序列图上改动Feature的属性；而想要修改这些注释标签的显示顺序，主要牵扯到的就是Features列表的排序方式、不同图层的显示规则，以及标签在图形里的摆放位置。SeqBuilder Pro这款软件支持添加、编辑和自定义注释，也能够进行自动注释和Feature显示管理。