序列越来越长之后，光靠普通比对的结果，其实很难一眼就看出来重复区、倒位区，或者那些局部特别相似的地方到底在哪里。要搞明白在DNASTAR里面怎么去做点阵图分析，以及从点阵图上又该怎么去判断哪些区段是相似的，大家通常会用点阵图这种办法，把两条序列按照横纵坐标的方式摆出来。画出来的对角线越是连成一整段，就说明这两条序列越像；如果线突然断掉了、跑偏了，或者方向反了过来，那么很可能就是遇到了插入缺失、重复，或者是倒位的情况。

　　一、DNASTAR怎么做点阵图分析

　　在开始做点阵图分析以前，先要把准备拿来做比较的序列给理清楚。要是序列的方向、长度，还有质量本身差别就很大，画出来的图就会显得很乱，到时候也不太容易直接下判断。

　　1、导入待分析序列

　　先把DNASTAR里面的SeqMan、MegAlign，或者对应的比对模块给打开，然后把你打算比较的那两条DNA或者蛋白序列，导进同一个工程里面去。序列的名字最好是提前就固定好，比如写成Sample_A、Sample_B这个样子，免得等会儿生成了图，自己都分不清谁是谁。

　　2、进入点阵图这个功能

　　在序列比较的那个窗口当中，找到Dot Plot，或者是名字跟它差不多的点阵分析入口。不一样的版本，菜单的摆放位置可能会有差别，但背后的核心逻辑都是一回事：就是拿一条序列当成横轴，另一条序列当成纵轴，然后系统会按照你事先设好的窗口大小，还有匹配的严格程度，自动去把符合要求的点给画出来。

　　3、把窗口和阈值设定好

　　Window Size决定了每次比较的那一小段长度到底是多少，而Stringency或者Threshold，则决定了匹配要严到什么程度才算数。窗口设得比较小的时候，画出来的图会更细碎一些，拿来在序列里找那种很短的重复片段就特别合适；反过来，要是窗口调得比较大，对角线就会显得更平滑，这时候更适合去看长片段的整体相似性。

　　4、让系统生成点阵图

　　等分析跑完了以后，系统就会把点阵图给显示出来。通常主对角线上那一条斜线，代表的就是两条序列在整体方向上高度相似的那些区域。如果你拿的是同一条序列自己跟自己比，除了主对角线以外，还可能看到因为内部有重复区域而形成的平行线。

　　二、DNASTAR点阵图相似区段怎么判断

　　看一张点阵图，不能只去看上面“到底有线还是没有线”，而是要看线段的连续性好不好、朝哪个方向走，以及排列得密不密集。因为这些不一样的形态，背后对应的生物学意义也都不一样。

　　1、连续的主对角线代表高相似

　　从左下角往右上角方向走的那根连成一体的斜线，就说明两条序列在这段对应的区间里面，一致性是很高的。这根线划得越长、越是连成一片，通常也就表示相似的这一段越稳定。要是整张图上只看到这么一条很清晰的主对角线，那基本就能说明这两条序列在整体上的同源性是挺高的。

　　2、主对角线断了说明有插入缺失

　　主对角线走到中间突然就断掉了，或者出现位置上明显的错开，这多半都是因为其中的某一条序列，在这个地方发生了插入、缺失，或者是单独的突变。断开的痕迹越是明显，往往也代表这个位置结构上的改变就越大。

　　3、样子朝反方向走的斜线可能是倒位

　　要是在图上看到了从左上朝右下斜着过去的反方向线段，那常常代表的是一段反向重复，或者发生了倒位的区域。假如一大片区域都表现出了这样的反向趋势，那就要回过头去，再仔细检查一下序列当初的方向，还有是不是发生了基因组的重排。

　　4、多根平行线代表存在重复区

　　除了那根最主要的主对角线以外，要是还在图上看到了好几根平行的短线，那通常就是在告诉你，这段序列里面是藏着重复单元、串联重复，或者是某些保守的结构域。序列里面重复的东西越多，图上看得到的这种平行结构也就会变得越清晰。

　　三、DNASTAR点阵图分析后怎么复核

　　点阵图很适合拿来做快速的趋势观察，但它还是没有办法直接去替代那种精确到每一个碱基的比对工作。等到从图上发现了那些不太对劲的区域以后，我们还要再去做进一步的验证。

　　1、回到比对视图去查看具体的碱基差异

　　点阵图只能告诉你“哪个地方很可能跟别处不一样”，真要去看每一个碱基到底是怎么变的，还是得再回到序列比对的窗口里面去。那些插入缺失、错配，还有复杂度比较低的区域，全部都要单独拿出来做一次确认。

　　2、换一组窗口参数再重新观察

　　同一组序列，如果你试着去调一调窗口大小的那个参数，跑出来的图有时候会看到完全不一样的结果。那种很短的序列重复，就更适合用小一点儿的窗口去抓；如果是整段的基因组区域，那就要把窗口调得大一些。要是觉得图上的点太碎了，也可以适当地去把窗口的长度往上提一提。

　　3、仔细检查一下低复杂度的区域

　　像AT重复、简单的串联重复，或者那些复杂度本来就很低的序列，是很容易在图上形成一大片的噪声点的。所以当你在图里看到有成片的密集散点的时候，就要先去判断一下，这些到底真的是因为同源才配上的，还是仅仅只是由于序列复杂度太低，被随机给匹配到了一起。

　　4、拿功能区域的信息来帮着解释

　　如果图上那些高相似的区域，正好就是编码区、保守的结构域，或者是已知的重复元件所在的位置，那这种相似性一般来说就会带着更强的生物学意义。所以不要光凭图上画出来的形状就急着下结论，一定还要去结合基因的注释信息，还有你自己实验的背景来综合起来看。

　　总结

　　DNASTAR的点阵图分析，说到底就是用坐标的方式，去把两条序列在局部和整体上的相似程度给展现出来。那一条连起来的主对角线，代表的就是高度相似的区域；线要是断开了，多半就是在告诉你碰到了插入缺失；要是出现了反方向的线段，背后可能是倒位；而多冒出来的平行线，则常常是跟序列里面的重复区有关系。等你把所有的分析都做完以后，还要再回到序列比对的结果里面去，跟功能区域的信息放在一起进行复核，这样得出来的结论才会更靠得住。