拿到一个蛋白预测模型，手头又有同一蛋白的实验结构，往往会想知道两者究竟差在哪儿。有的模型整体折叠很接近，差异主要在末端或一段环区。有的模型只有一个结构域能对上，叠合图看起来也挺整齐。DNASTAR的Protean 3D可以把这些结构放在同一视图里比较，读结果时要把RMSD和参与比对的范围放在一起看。

　　一、DNASTAR蛋白结构比对怎么做

　　本地结构文件可以成组打开，NovaFold的预测结果也可以从报告中选取。以两份PDB文件为例，先确定要比较的链，再做结构叠合，比较容易看清结果对应的是哪一部分。

　　1、把两份结构文件打开到同一个组

　　如果一份文件是多链复合物，另一份是单链模型，导入后要认清目标链。两个文件各自的链字母只是标识，同为A链也可能代表不同的蛋白。

　　①、启动【Protean 3D】，点击【File】→【Open Group】，在文件对话框中同时选择两份【.pdb】文件，确认打开。

　　②、在【Structure View】中检查两份结构是否已经进入同一组，再到【Sequence View】核对链标识和对应序列。若模型和实验结构的残基编号不同，用序列确认对应位置。

　　③、使用【NovaFold】结果时，从报告中选择要比较的预测结构。若要与本地实验结构一起处理，也可以先将预测结构导出为【.structure】文件，再和实验结构成组打开。

　　2、选择目标链并运行刚体叠合

　　①、在【Sequence View】中选中两份结构各自要参与比对的蛋白链。比较单链时，保留目标链的选择，取消同组其他链上的选择。

　　②、点击【Structure】→【Align Structures】→【Structure Alignment】，选择【TM-Align】或【jFATCAT】刚体比对方法，确认运行。需要比较多组样本时，记下所用方法，后续沿用同一设置。

　　③、切回【Structure View】，通过【Style】给两份结构设不同颜色，转动视角检查螺旋、折叠片和环区的重叠位置。

　　刚体叠合通过旋转和平移来摆放结构，保留各自原有的构象。如果两个结构域的相对朝向变了，某个结构域对得很好，另一个仍可能明显错开。

　　二、DNASTAR蛋白结构比对的RMSD怎么看

　　RMSD是均方根偏差，表示叠合后参与计算的对应原子位置相差多远，结果以埃为单位。数值越小，这些配对位置贴得越近。差异较大的位置经过平方后占的分量也更大，一段偏离明显的环区就可能拉高读数。

　　1、在详情面板找到本次比对的数值

　　①、切换到完成比对的结构组，在【Details】面板中查找【RMSD】。组里放了多个模型时，先核对结果对应的结构，避免把相邻条目的数值记到当前模型上。

　　②、记录【RMSD】读数，同时记下两个结构的文件名、链标识、输入残基范围和所用算法。如果结果提供实际配对残基数，也一并记录。

　　2、把读数和实际对齐范围一起比较

　　①、回到【Sequence View】核对输入的链和残基区间。区分选中多少残基与实际配对多少残基，遇到缺失坐标或算法未配对的片段，分开记录。

　　②、在【Structure View】里从几个角度查看叠合，分清重合的是整条链的大部分、单个结构域，还是几段二级结构。对报告中没有列出的配对数量，保留可确认的范围信息。

　　③、比较两个预测模型时，用同一实验结构、同一目标链和同一种算法分别运行【Structure Alignment】。把【Details】里的读数和两次比对的范围并列记录。

　　举个例子，一次比对覆盖一百八十个配对残基，RMSD为一点六埃。另一次只有四十个配对残基，RMSD为零点八埃。后一个数值说明那四十个位置叠得更紧，前一个结果覆盖的范围则更广。只按数值排序，会把局部重合与整体相似混在一起。

　　3、用叠合图找出拉开差距的位置

　　同样的RMSD可以对应不同的形态。一对结构可能是许多位置各差一点，另一对可能是主体贴合，只有末端偏得很远。

　　①、在【Structure View】里先看主体折叠，再放大末端、连接区和环区，确认偏离集中在哪一带。

　　②、在【Sequence View】中选中偏离片段对应的残基，回到【Structure View】查看高亮位置。若视图中某段断开，再核对该段是否缺少坐标。

　　三、DNASTAR蛋白结构比对怎么单独比较结构域

　　整链结果看出差别后，可以用同一对结构再做一次局部比对。整链叠合保留结构域之间的相对位置，局部重新叠合则便于看清这个结构域自身的形状是否接近。

　　1、选取对应区间重新叠合

　　①、保留原来的整链比对窗口，再用【File】→【Open Group】打开同一对结构，单独用于局部比较。

　　②、在【Sequence View】中分别选中两条链上对应的结构域。若两份文件的编号有偏移，按序列和已知的结构域边界选取，各自记下起止残基。

　　③、用【Structure Alignment】按原算法重跑，在【Details】中读取局部【RMSD】，再回到原窗口比较该结构域在整链叠合中的位置。

　　局部重新叠合会重新计算摆放位置。若整链图上一个结构域明显错开，单独叠合后内部却贴得很紧，可以继续检查结构域之间的相对朝向。

　　2、保存能够区分整链与局部的结果

　　①、在两组结果的【Style】面板中沿用同一套配色，让实验结构和预测模型在两张图里容易辨认。

　　②、分别点击【File】→【Export Image】→【Structure】导出叠合图，在图注中写明链标识、残基范围、算法和RMSD。整链图与局部图分别命名。

　　总结

　　结构比对有两层结果，一层是参与配对的位置叠得有多紧，另一层是这些位置覆盖了蛋白的哪些部分。把链、区间和算法与RMSD一起记下来，读者才能分清一组数据描述的是整体折叠、单个结构域，还是某段局部构象。如果大家手里的两次比对数值差得很明显，可以先对照它们实际覆盖的片段，再回到叠合图看差异落在哪里。