在进行DNASTAR SeqBuilder质粒图谱的绘制时，以及调整注释位置的偏移时，是很多人在构建质粒、制作载体说明、核对酶切位点和整理实验记录的时候，容易碰上的问题。质粒图谱并不仅仅只是画出一个环形的DNA就结束了，它是需要把序列的长度、起点和方向、开放阅读框、启动子、抗性基因、标签、酶切的位点，还有引物的位置，这些东西都一一对应到准确的碱基坐标上面去的。一旦注释的位置发生了偏移，那么后续的克隆设计、测序结果的比对，还有实验上的交接，就都会跟着一起出错的。

　　一、DNASTAR SeqBuilder质粒图谱怎么绘制

　　在动手绘制质粒图谱以前，需要先去看一看，手里的这一份序列，它到底是不是一个完整的质粒序列。如果它仅仅只是一个插入的片段、测序的片段，或者是拼接出来的片段，那么就直接把它画成一个环形的图谱，是很容易会让别人误以为，它已经是一个完整的载体了。

　　1、把完整的质粒序列导入进去

　　在SeqBuilder这个软件里面，去打开目标的序列文件，然后需要去确认一下序列的长度、方向，还有起点的位置，这几样东西是不是都和实验的记录保持一致的。比较常见的输入，是可以来自于GenBank、FASTA，或者是已有的DNASTAR文件。如果使用的是FASTA格式，那么它就只能保留最基础的那些序列信息，很多原本已经存在的注释，可能是没有办法被完整地带进来的；要是想要把已有的那些feature信息给保留下来，那么带着注释的序列格式，就会显得更加合适一些。在导入完成了以后，需要先去看一下它的长度，不要急着去美化那张图谱。

　　2、去添加一些关键的功能注释

　　通过跟Features有关的功能，去给启动子、CDS、抗性的基因、标签、MCS、多克隆的位点，还有引物结合的区域，把这些东西的注释，都给添加进去。注释的名字，需要写得能够让人看得明白，比如Ampr、CMV promoter、His tag、EGFP、T7 primer这样的写法，不要只是去写一个片段1、区域2。每一个注释，也都要去看清楚它的方向，尤其是CDS和启动子，它们的方向一旦被弄错了，那么图谱从表面上看，好像还是完整的，可实际上，它所代表的表达关系，是会误导后续的那些实验的。

　　3、去切换到质粒图谱的视图

　　切换到质粒图谱，或者是图谱显示的那个视图以后，需要去检查一下环形的图、注释的标签、酶切的位点，还有颜色，这几样东西是不是都足够清楚的。图谱这个东西，并不是标注得越多就越好。如果它是用来写论文，或者是做汇报的，那么就可以把那些核心的元件给保留下来；如果它是用来做实验设计的，那么就可以去显示更多一些的酶切位点和引物的位置。不一样的用途，最好是能够分别去保存一下不同的版本，避免让一张图上面的内容，显得太密了，反而看不出重点在哪里。

　　二、DNASTAR SeqBuilder注释位置偏移怎么调整

　　当发现注释的位置发生了偏移的时候，需要先去判断一下，这个偏移，它到底是来自于序列本身，还是来自于注释所对应的坐标。在很多情况下，并不是软件把位置显示错了，而是使用者在做了插入、删除、反向互补，或者是重新设定了起点以后，并没有去同步地检查一下那些注释。

　　1、先去核对一下序列的起点

　　通过跟设定起点有关的功能，去确认一下质粒的起点，它是不是被重新地移动过了。一个环形的质粒，一旦换了一个起点，那么图谱上面所有的注释，看起来的位置，也就都会跟着发生变化了。这些注释，它们在序列当中的相对关系，其实是没有改变的，但是它们显示出来的角度，还有起始和结束的编号，是会改变的。如果你的实验记录，是按照某一个载体的标准起点来作为参照的，那么就需要去把SeqBuilder里面的这个起点，也调整到和它同样的位置上。

　　2、去检查一下注释的起始和结束的坐标

　　把Feature List这个列表给打开，然后去查看一下每一条注释，它的起始位置、结束位置，还有它所对应的那条链的信息，逐项地去核对一下发生了偏移的那些注释。如果某一个抗性的基因，或者是插入的片段，它整体上偏移了几十个碱基，那就要去看一看，在这段序列的前面，是不是曾经发生过插入、删除，或者是序列的拼接。如果仅仅只是标签所显示的位置，发生了一点偏移，那么这有可能是因为图谱的布局而造成的；可要是feature的坐标本身就已经偏了，那么就需要用手动的方式，去修正一下它的起始和结束的位置了。

　　3、去处理一下因为反向互补而带来的方向问题

　　如果序列是曾经做过反向互补的，那么就需要再去重新地检查一下CDS、启动子、引物，还有酶切位点的方向。有一些注释，在进行了反向处理以后，它们的位置是能够跟着一起更新的，但是它们的方向、标签的显示，还有阅读框，这几样东西，仍然是需要靠人工去复核一遍的。特别是对于那种表达载体，启动子和CDS的方向，这两者之间是必须要对应上的，不能只是去看一看，注释的那个名字，它还在不在那个地方。

　　三、质粒图谱导出前怎么检查更稳妥

　　在质粒的图谱被绘制完了以后，是不建议马上就把图片给导出来的。最好是能够先在序列的视图，和图谱的视图之间，来来回回地核对上一次，把坐标、方向，还有显示出来的内容，这几样都给确认好了，这样做，后面再把东西交给同事，或者是客户的时候，才不容易出现反反复复的返工。

　　1、去核对一下核心元件的排列顺序

　　顺着那张环形的图谱，去检查一下启动子、插入的片段、标签、终止的信号、复制的起点，还有抗性基因，这些东西它们彼此之间的相对顺序。如果这张图谱，是要被用来作为克隆的说明的，那么插入片段两端的酶切位点，还有阅读框，这几样就需要重点去看；如果这张图谱，是要被用来进行质粒的交付的，那么抗性基因、复制的起点，还有载体的骨架信息，这些也是不能给漏掉的。

　　2、去检查一下注释和序列，是不是能够对得上

　　在图谱上面的每一个比较关键的注释，都是应该能够在序列的视图当中，去找到它们所对应的那个位置的。不能只是去相信图上所显示出来的那个标签，尤其是那些从别的软件里面，被导入进来的文件，它们注释的名称，可能还依然留在那里，但是所对应的坐标，却已经是完全不适合当前的这一版序列了。

　　3、根据不同的用途，去导出不同的版本

　　如果这张图，是要被用在文章的配图上面的，那么就可以去导出一个比较简洁的版本，只是去显示那些最核心的元件；如果它是被用在实验的记录上面的，那么就可以去把酶切的位点、引物，还有详细的feature信息，都给保留下来。在导出以前，需要去确认一下图谱的方向、标签彼此之间的距离，还有文字是不是被遮挡住了，要避免出现图片虽然看着是很漂亮，但是那些最关键的、能够被人读出来的信息，却反而看不见了的情况。

　　总结

　　DNASTAR SeqBuilder的质粒图谱应该怎么去绘制，还有DNASTAR SeqBuilder的注释位置发生了偏移，又该怎么去进行调整，这两件事情的关键，都是要先保证序列它是完整的、方向它是正确的、起点它也是统一的，然后再去把feature注释，给准确地绑定到碱基的坐标上面去。在做图谱绘制的时候，需要先去分清楚展示的用途，和实验的用途；在注释发生偏移的时候，则需要回到起点、坐标、方向，还有序列编辑的历史里面，去进行排查。只要是序列的版本、注释的位置，还有图谱的显示，这三样东西，它们是能够彼此对得上的，那么用SeqBuilder做出来的质粒图谱，才会更加适合被用在实验的设计、资料的归档，还有对外的沟通上面。