比较两株细菌的基因组时，可以用DNASTAR Lasergene中的MegAlign Pro运行Mauve比对，查看共有片段在各条序列中的位置和方向。总览图会把可对应的区域画成色块，有些色块还会出现在反向轨道上。读图时要先确定以哪条序列为参照，再看反向的是一段还是整条序列。局部方向翻转值得进一步检查，整条序列方向相反则可能只是输入文件采用了不同的链方向。

　　一、DNASTAR怎么做Mauve比对

　　Mauve适合比较可能存在重排的长核酸序列。初次操作可以选两条相近的基因组，便于在总览中追踪同一个色块，确认读图方式后再加入其他样本。

　　1、添加待比对的基因组序列

　　①打开【MegAlign Pro】，点击工具栏中的【Add sequences to project】，载入待比较的FASTA或GenBank文件。

　　②打开【Overview】，核对序列名称、条数和长度，确认没有混入质粒、单个基因或重复记录。

　　③对多条染色体或含多条组装片段的文件，核对导入后的记录与原始文件，记下待比较的染色体或片段范围。

　　如果后续还要核对倒位两侧的基因，优先使用带注释的GenBank文件。只有FASTA文件也可以做比对，只是确认附近有哪些基因时，需要另外查注释。

　　2、选择Mauve并查看色块

　　①点击工具栏中的【Align】，选择【Mauve】，以默认设置运行一次比对。

　　②比对完成后打开【Overview】，缩小视图，查看各条序列上的色块及块间连线。

　　③找到要深入查看的区域后，双击【Overview】中的对应色块，将其设为活动块，再切换到【Sequences】查看局部比对。

　　④使用【File】→【Export Image】导出所需视图，保留一张便于对照的总览图。

　　二、DNASTAR的Mauve比对图怎么看倒位

　　Mauve比对产生的色块称为局部共线块。同一个比对块在不同序列中用相同颜色显示；颜色用来认块，块所在的正向或反向轨道才用来判断相对方向。

　　1、固定总览图中的比较序列

　　①进入【View】→【Style】→【Overview】，找到【Compare to】。

　　②在【Compare to】中选择本轮要作为方向参照的序列，返回【Overview】核对该序列的色块是否都在正向轨道。

　　③沿同色块或连线寻找待比较序列中的对应区段，记录它位于正向还是反向轨道。

　　参照序列的块统一画在正向轨道。另一条序列中的对应块若显示在反向轨道，表示该区段以反向互补的方向与参照块比对。换一条参照，图上的正反方向也可能跟着变，记录结果时要写清比较对象。

　　2、结合两侧色块判断是不是局部倒位

　　假设参照序列从左到右是A、B、C三个块，样本的A和C仍同向，中间的B落到反向轨道，这就提供了一处局部倒位的线索。若是连续几个块一起倒位，还可能看到这些块在区段内的顺序也颠倒。

　　①在【Overview】中找出反向块，分别核对它左右两侧的同色块在两条序列中的位置和方向。

　　②对连续出现的反向块，按各自序列的坐标顺序记录块的排列，核对区段内是否呈现反序。

　　③记录候选区段在参照和样本中的坐标范围，把仅有连线交叉、却没有方向翻转的区域单独列出。

　　3、区分整条序列反向和局部倒位

　　①在【Overview】中缩小到全长，检查反向现象是集中在一段，还是覆盖了几乎所有可对应的块。

　　②若整条序列的对应块大多方向相反、排列也整体反序，可在项目副本中选中该序列，右击选择【Reverse Complement】，然后用【Align】重新运行Mauve比对。

　　③在新结果的【Compare to】中选回同一条参照，核对统一方向后是否还留下局部反向块。

　　双击色块也可能改变当前画面的方向。MegAlign Pro会把活动块显示在正向轨道上，并在需要时翻转相关序列及坐标标尺。因此，放大查看碱基后再回总览读图，应重新确认参照和坐标方向，别把显示翻转当成比对结果发生了变化。

　　三、DNASTAR的Mauve倒位候选区怎么复核

　　总览图能把可疑范围缩小到几段序列，色块的边缘却不一定就是精确断点。边界附近如果有重复序列、未比对区或组装接缝，还要核对两端的连接关系。

　　1、检查倒位两端的比对与注释

　　①在【Overview】中定位候选倒位区段，分别记下反向块两端的坐标及相邻同向块的位置。

　　②双击待查色块，在【Sequences】中查看靠近边界的比对，记录缺口、低一致性区或重复片段。

　　③若输入的是带注释的【GenBank】文件，对照候选区两侧的基因名称和方向，记录可以帮助定位的相邻特征。

　　2、排除组装边界和环状序列起点的影响

　　①回到原始【FASTA】或【GenBank】文件，核对两个候选边界是否靠近组装片段端部或环状序列的线性起点。

　　②若两条环状序列的起点不同，在副本中将它们统一到同一个可识别的位置，再通过【Align】重新运行比对。

　　③对仍保留的反向区段，如有原始测序数据，回到组装或读段比对结果，分别检查两个候选连接处是否有跨越接缝的读段支持。

　　环状序列换一个起点，就可能让原本相邻的两段分到图的两端。组装片段本身的方向也可能影响图上的排列。遇到这两类情况，先保留“候选倒位”的判断，等两端的连接关系核对清楚后再确定边界。

　　总结

　　Mauve总览图适合用来找出值得追查的结构差异。一个有用的倒位记录，应让后来查看的人知道以哪条序列为参照、哪一段方向相反，以及两侧是否有可核对的连接证据。把相对方向和生物学结论分开，既能利用色块快速定位，也能避免把输入方向、环状起点或组装差异写成已经确认的倒位。